2004年4月肝病科从感染科分离成为独立的科室，简称为肝病中心，位于原灭菌制剂室改建而成的二楼，在急救大楼设立2个门诊室。

2007年1月30日肝病科搬迁至御安分院二楼，设立2个病区，开放床位50张。

2010年肝病科获得重庆市万州区医学重点学科消化内科（肝病）。

2011年成立万州区肝病研究所，建立一所设备、人员齐全生物细胞研究室。

2012年科室更名为：肝病病区。

2012年成立国家药物临床试验基地，成功开展5多项药物临床试验。

2012年授予全国中医药防治传染病临床基地。

2012年授予中华医学生物免疫学会理事单位

2017年科室更名为：肝病科。

2018年肝病科获得重庆市区域重点专科感染科。

2018年授予渝东北肝病与感染病专科联盟“理事长单位”

2019年授予全国脂肪肝规范诊疗中心。

2019年授予《肝博士》杂志科普教育基地。

2019年授予全国“一百千万工程”肝病培训基地。

2019年8月授予慢乙肝临床治愈“珠峰”项目重庆分中心。

2020年5月肝病科搬迁至平湖分院，负一楼，设立2个病区，开放床位64张。

2020年6月授予全国脂肪肝数据管理中心建设项目实施单位。

2020年9月授予防治肝癌“绿洲”项目重庆分中心。